Die Ausgrabung des Altars fand von 1878 bis 1886 unter der Leitung des deutschen Ingenieurs Carl Humann in Kleinasien statt. Ein Abkommen zwischen der deutschen und osmanischen Regierung erlaubte den Transport der geborgenen Altarfriese nach Berlin, wo sie zum Anlass für den Bau des Pergamonmuseums wurden. Da kein geeigneter Präsentationsrahmen für die 113 Meter langen Friese vorhanden war, wurde beschlossen, ein neues Museumsgebäude mit entsprechenden Räumlichkeiten zu errichten. Nach einer zwanzigjährigen Bauzeit wurde 1930 das dreiflügelige Ausstellungshaus fertiggestellt. Unter seinem Dach fanden nicht nur der Pergamonaltar, sondern auch andere architektonische Kunstwerke aus der Antikensammlung wie das Markttor von Milet ein Domizil.

Heute beherbergt das Pergamonmuseum neben der Antikensammlung auch das Vorderasiatische Museum und das Museum für Islamische Kunst. Das Vorderasiatische Museum präsentiert Exponate, die unter anderen den Hochkulturen der Sumerer, Assyrer und Babylonier zuzuordnen sind. Die meisten dieser Ausstellungsstücke stammen aus dem heutigen Irak, Syrien und der Türkei und die ältesten von ihnen sind achttausend Jahre alt. Das Glanzstück der Sammlung ist das weltberühmte Ischtar-Tor, das in Originalgröße aus Tausenden in Babylon ausgegrabenen Ziegelbruchstücken rekonstruiert wurde. Der Anblick des monumentalen Stadttores ist beeindruckend und ermöglicht es dir, dich in das Babylon des sechsten Jahrhunderts v. Chr. versetzt zu fühlen. Die Oberfläche des Tores ist mit glasierten Ziegeln verziert. Vor einem leuchtend blauen Hintergrund werden die Hauptgottheiten der Stadt durch Abbildungen von Löwen, Stieren und Drachen symbolisiert.

Das Museum für Islamische Kunst stellt Kunstwerke islamischer Nationen aus dem achten bis neunzehnten Jahrhundert aus. Zu den Hauptattraktionen zählt die Mschatta-Fassade. Diese mit Reliefen bedeckte Prachtfassade einer jordanischen Wüstenresidenz gelangte als ein Geschenk des osmanischen Sultans Abdulhamid II. an Kaiser Wilhelm II. nach Berlin. Der Aufbau im Pergamonmuseum nimmt eine Länge von 33 Metern und eine Höhe von 5 Metern ein und ist ein atemberaubendes Beispiel für die frühislamische Baukunst. Neben den monumentalen Baudenkmälern präsentiert das Museum auch zahlreiche kleinere Kunstwerke und Alltagsgegenstände aus den verschiedenen Epochen und erlaubt dir so einen Einblick in die vergangenen Zeiten.